O Joomla é um sistema relativamente seguro e as últimas atualizações da versão 1.0.x foram basicamente correções de falhas de segurança. No entanto, muitos administradores não tomam os devidos cuidados para manterem seus sites Joomla seguros e acabam sofrendo ataques. Para saber como proteger seu site Joomla, fiz uma pequena pesquisa sobre o assunto.

Básico
Aumente a segurança desabilitando o register_globals
Joomla Administrators Security Checklist
Security & Performance FAQ
Joomla Documentation: Security

A seção sobre segurança do Joomla 1.0.x no fórum oficial do Joomla é recomendada para saber as últimas novidades: http://forum.joomla.org/viewforum.php?f=267

Componentes vulneráveis
Outro grande problema são os componentes com vulnerabilidades, que expõem o Joomla a ataques. Para saber a lista completa de extensões com problemas, acesse estes links: http://docs.joomla.org/Vulnerable_Extensions_List e http://forum.joomla.org/viewforum.php?f=296.

Veja também este artigo sobre a configuração correta do arquivo .htaccess para evitar problemas com componentes inseguros: Securing Joomla! - .htaccess file

Ajuda Profissional
Se você teve um site Joomla hackeado ou quer atestar e garantir sua proteção, pode utilizar os serviços do Joomla Rescue ou do The Joomla! Experts. São serviços caros, mas se dinheiro não é problema para seu cliente, vale a pena. Contate também a Lahost Hospedagem de Sites e converse sobre o seu problema de segurança.

Fonte Desconhecida.